Struktur organisasi LPPM Universitas Cokroaminoto Yogyakarta disusun untuk mendukung koordinasi dan pelaksanaan kegiatan penelitian serta pengabdian kepada masyarakat secara efektif. Pembagian tugas dalam organisasi menjadi dasar bagi pelaksanaan program, pengelolaan administrasi, pengembangan kemitraan, serta pemantauan dan evaluasi kinerja lembaga.
Berdasarkan struktur dalam Rencana Induk Penelitian UCY Tahun 2022–2026, organisasi LPPM terdiri atas unsur-unsur berikut:
-
Rektor, sebagai pimpinan universitas yang menaungi LPPM.
-
Ketua LPPM, yang memimpin perencanaan, pelaksanaan, koordinasi, pemantauan, evaluasi, dan pelaporan program lembaga.
-
Sekretaris LPPM, yang bertanggung jawab atas administrasi, keuangan, dan pengelolaan basis data.
-
Bidang Penelitian, yang mengelola perencanaan, pelaksanaan, dan pelaporan kegiatan penelitian.
-
Bidang Pengabdian kepada Masyarakat, yang mengelola pelaksanaan program pemberdayaan dan pengabdian kepada masyarakat.
-
Unsur administrasi dan pengelola basis data, yang mendukung kelancaran layanan administratif serta pengelolaan informasi lembaga.
Pembagian peran tersebut diarahkan untuk membangun tata kerja yang terkoordinasi, mendukung pencapaian program, dan meningkatkan akuntabilitas pelaksanaan Tridarma Perguruan Tinggi.